La Maestría Interinstitucional en Derechos Humanos se desprende de un convenio de colaboración que conforma la Red Interinstitucional, suscrito el veinticuatro de junio de 2016 por la Universidad Autónoma de Tlaxcala, Baja California Sur, Campeche, Guanajuato y la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, a la que se suma posteriormente la Universidad Autónoma de Chihuahua y Tamaulipas, finalmente la Universidad Autónoma de Chiapas se incorpora mediante convenio modificatorio, el cual tiene lugar a los veintisiete días del mes de abril de dos mil veintidós.